Fue declarado Bien de Interés Cultural en 1931.
Sus orígenes aparecen rodeados de incógnitas y de noticias más legendarias que históricas.
La primera noticia documental existente de relativa fiabilidad que nos habla de una vida monástica en Oia hay que situarla en el primer tercio del siglo XII, hacia el año 1137, momento en que el rey Alfonso VII realiza diversas donaciones al monasterio.
Pero cuando ya es posible constatar con toda seguridad el origen de esta abadía es en 1149 fecha en la que el monarca anteriormente citado concede a los monjes que allí vivían “SUB REGULA BEATI BENEDICTI” todas las posesiones reales de los lugares de Mougás, Villadesuso y Pedornes.5 Años después concretamente en 1185 Oia se anexiona a la regla reformada de San Bernardo lo que va a repercutir en su fisonomía arquitectónica, austera y sobria propia de la arquitectura cisterciense.
Los imponentes muros almenados del cenobio simulan ser una fortaleza costera.
Así en el siglo XVII por su privilegiada posición estratégica constituyó un importante baluarte defensivo frente a los constantes saqueos e invasiones marítimas tan frecuentes en aquella época en las rías gallegas.
Habría que citar como ejemplo el acontecimiento acaecido en el año 1624 cuando los monjes desde la Plaza de las Armas demostraron su valor militar con el hundimiento y fuga de cinco bajeles de piratas turcos que frecuentaban la costa, hecho que les hizo merecedores del sobrenombre de “monjes artilleros”.
Sobre la base de esta heroica hazaña, Felipe IV concedió a esta abadía nuevos privilegios y donaciones entre ellos la confirmación del título de Real e Imperial Monasterio de Santa María de Oia lo que va a coincidir con la época de su mayor esplendor económico.
En el s. XVI acontece otro hecho a destacar en la historia del monasterio, la leyenda de la Virgen del Mar, actual patrona del Concello de Oia.
Todo comienza cuando en 1581, unos labradores encuentran en un acantilado de la costa, en un lugar llamado A Orelluda, una imagen de una virgen unida por una cadena a la figura de un perro.
Tras rescatarla, fue llevada a hombros en procesión hasta el Monasterio.
Al llegar los hombres enfervorizados explican a los perplejos monjes que la imagen ha llegado hasta allí desde el mar a lomos del cánido que luce un collar de conchas.
Los monjes tomaron pues sobre sus propios hombros la imagen y la condujeron a la iglesia del Monasterio.
Toman como milagro el hecho de que no se hiciera pedazos en los escarpados acantilados de la zona, aunque lo que quizás muchos no supieran entonces es que miles de imágenes surcaban el mar a consecuencia de la subida al poder en gran Bretaña del puritano Cromwell y la furia iconoclasta de este que vació de imágenes las iglesias británicas.
Con la llegada del siglo XIX este conjunto monástico frena de un modo repentino el intenso desarrollo que había experimentado a lo largo de las centurias anteriores.
La invasión napoleónica y sobre todo la desamortización de Mendizábal van a provocar el abandono definitivo en 1835 de los monjes que son expulsados de la que había sido su casa desde el siglo XII.
A partir de este momento la historia de la Iglesia y el monasterio van a desarrollarse por senderos muy diferentes.
El templo se convierte desde 1838 por mandato del obispo de Tuy en sede parroquial, mientras que las dependencias monacales serán subastadas pasando a manos privadas.
A partir de entonces se marcan los inicios de una larga época de abandono y deterioro.
En 1910 los jesuitas expulsados de Portugal arrendaron el monasterio, donde se estableció un colegio.
Esta orden permaneció en Oia hasta el año 1932, fecha en que tuvieron que abandonarlo al ser nacionalizados los bienes de la Compañía de Jesús y decretar su expulsión del territorio nacional.
Este hecho coincidirá con los años de la Guerra Civil cuando el cenobio será utilizado como cárcel acogiendo a numerosos prisioneros catalanes, valencianos y mallorquines en su mayoría.
Su presencia ha quedado patente en las inscripciones murales de diversas estancias.
En este periodo se continuará e incluso se agravará su etapa de abandono y destrucción.
A partir de este momento el monasterio irá pasando por una etapa de compraventas entre diferentes familias que llegaron a establecer su hogar en el propio monumento.